يقسم المؤرخون هذه الفترة إلى عصور مختلفة:
جومون الوليد : 10,000 ق.م حتى 8,000 ق.م
جومون البدائي : 8,000 ق.م حتى 5,000 ق.م
جومون القديم : 5,000 ق.م حتى 2,500 ق.م
جومون الوسيط : 2,500 ق.م حتى 1,500 ق.م
جومون المتأخر : 1,500 ق.م حتى 1,000 ق.م
جومون الأخير : 1,000 ق.م حتى 300 ق.م
فترة يايوئي (弥生時代) مابين (300 ق.م.– 300 م.)
عرفت فترة "يايوئي" انقطاعا عن سابقتها -"فترة جومون"- في المجال الثقافي، إذ تم إدخال العديد من التقنيات و مواد التصنيع القادمة من القارة إلى الأرخبيل الياباني. ساعد الأخذ السريع بهذه الوسائل على قيام حضارة كانت استثنائية فعلاً. عدا الأرز و تقنية زراعته، عرفت اليابان دخول المعادن و التقنيات التي تساعد في تصنيعها، كدخول النحاس، من غير أن يصاحب هذا الحدث قيام "العصر النحاسي" كما يحدث عادة، ثم الحديد بالأخص، والذي عرف نجاحا كبيرة عندما شاع استخدامه لصناعة الأسلحة. كما أن إدخال الأرز و ما صاحبه من تطوير المساحات المخصصة لزراعته، ساعد على قيام مجتمعات بدائية، بدأت تتجمع مكونة أولى التجمعات البشرية آنذاك.
تشير المصادر الصينية، و بالأخص "تاريخ الهان الأوائل"، ثم المصادر التي تناولت خصوصيات عصر "ويي"، تشير هذه المصادر إلى أن الأرخبيل عرف أثناء هذه الفترة شعباً أطلق الصينيون عليه اسم "وا"، كما كان مقسما ً بين المئات من الدويلات، و التي كان يتم ادارتها من طرف دولة عرفت باسم "ياماتاي"، تحت إمرة ملكة تسمى "هيميكو". حتى الآن لم يتم بعد الكشف عن أسرار هذه الدولة البدائية، و لا حتى أماكن تواجده الجغرافية و لا مصيرها النهائي. يعتقد البعض أن هذه الدولة كانت من أسلاف مملكة "ياماتو" ، و التي ظهرت بعدها فوق سهول "نارا" حوالي 600 م.، و هي تعتبر من أوائل الممالك اليابانية، والتي تم إقرار وجودها فعلا حتى اليوم.
فترة كوفون (古墳時代) مابين (300 م.-593 م.)